同じ場所で同じ作物を作り続けると「収量が減少する」「病害虫の影響を受けやすくなる」といった障害が起こりやすくなります。このような障害を連作障害といいます。ナス科やウリ科、アブラナ科などで、生育が悪くなったり、枯れてしまったりすることがよくあります。この原因は前に作った野菜や使用した肥料により、土壌中の成分バランスの崩壊や病害虫の発生が主な理由です。自然農では、限定した農作物だけを植えていないため、このような連作障害は起きにくいのですが、育てる農作物が特定の一種類に偏りすぎないように工夫するとよいでしょう。